Villabona se encuentra situada en el Valle del río Oria, una vez atravesado el conjunto de los montes Gazume y Uzturre. Distante 20 km. de Donostia, en una extensión de 17,8 km². Villabona pertenece al partido judicial de Tolosa y su altitud respecto al nivel del mar es de 128 m. en el núcleo de viviendas.

Según puede deducirse, Villabona derivó de la antigua y anterior población de Amasa, hoy barrio de la villa. Ambas formaban una comunidad que utilizaba conjuntamente la parroquia de San Martín, los montes concejales, la herrería, el molino y los caminos.

Amasa se une a Tolosa en el año 1.385. No se sabe con certeza si Villabona formó vecindad con ésta, aunque sí la representaba en las Juntas Generales.

Villabona consiguió el título de villa a finales del siglo XV. Tras su segregación de Tolosa, las dos poblaciones decidieron unirse, como al parecer lo habían estado antiguamente.

La población vive en su mayor parte concentrada en los dos núcleos de Amasa y Villabona, y sólo una pequeña parte (50 de las 884 familias) habita diseminada por el territorio.

La red hidrográfica se compone de un río principal: el Oria, a cuyo margen derecho se sitúa la villa, y una serie de arroyos que descienden de las colinas muriendo en el propio Oria o en el río Leizarán.

El territorio está formado por un 70 % de masa forestal que engloba hayas, robles y castaños propios de una vegetación atlántico-húmeda, pero la nefasta intervención del hombre casi ha eliminado esta vegetación autóctona a expensas del pino insignis. Los pastos naturales y eriales están representados por helechos, brezos, argomas...